目前，較為常見的代建管理模式有兩種：一種是全程代建模式。建設項目獲得初步設計即概算批復到項目竣工驗收合格之后，也可在合同中設定為項目保質期滿之時。另一種模式是兩段式代建即項目前期代建和后期代建兩個階段。項目前期代建是編制項目建議書開始至項目施工總包、監(jiān)理通過招標方式確定為止；項目后期代建一般從領取項目開工證開始至項目施工保質期結束。兩段式代建適合于規(guī)模大、工期長的項目。應根據(jù)不同的代建管理模式在常規(guī)審計基礎上關注以下審計重點：

　　項目代建費的審計。由于代建收費迄今為止沒有統(tǒng)一標準，一般地方都采取代建費加節(jié)余獎勵作為代建單位的報酬。政府應該出臺財政、審計等部門認可的代建費標準，最好由投標單位投標，評審專家評審。項目代建費應包括代建單位在項目前期，建設準備、實施、驗收階段發(fā)生的成本，應交的稅費（如營業(yè)稅及附加稅、所得稅）和合理的利潤。按照財政部財建（2004）300號文件第四項“項目代建單位的代建管理費標底由同級財政部門比照基建財務制度規(guī)定的建設單位管理費標準編制”的意見，由于標準較低，審計的重點應在“節(jié)余獎勵”上，審查與合同約定是否一致。

　　變更工程的審計。一般的代建工程應在投資概算之內，由代建單位對由安全隱患以及由地質因素制約所引發(fā)的追加投資變更進行技術上調整，如果有權威機構的免責請示批復，則應審核追加投資的依據(jù)、批準程序以及合理變更引發(fā)的核減核增的準確性，防止越權審批、虛增投資額和工程量等人為因素的干擾。

　　賠償事項的審計。根據(jù)代建制的設計要求，代建單位未能完全履行《項目代建合同》，擅自變更擴大規(guī)模，提高標準，致使工期延長、投資額增加或工程質量不合格所造成的損失，一律從代建單位的銀行履約保函中補償，履約保函金額不足的應扣減項目代建費，代建費不足的由代建單位自有資金支付，該代建單位在一定時間內不得參與該地區(qū)代建單位投標。同時，也容易發(fā)生代建單位對投資方的索賠問題。因此，對賠償事項應列為審計重點，避免人為干擾導致投資和賠償風險的轉移。

　　管理和效益的審計。重點審查項目建議書提出的依據(jù)與實際建成后的效果是否一致，審查環(huán)境保護設施的同步性及實施的有效性，分析影響投資效益的因素。審查代建合同，是否明確使用單位或運營單位職責，是否明確代建單位作為項目法人的權利和義務。是否明確對代建單位的約束責任，如賠償辦法、爭議解決機制、責任追究、回避和免責條款等。審查代建單位所有招標活動的記錄，是否合法合規(guī)。審查征地拆遷等工程造價控制的有效性。審查財務支出中合同簽訂單位與付款單位是否一致，有無非法轉包分包等問題。審查監(jiān)理、設計、施工單位簽證的合法性和真實性。對有爭議的事項應運用現(xiàn)代化檢查測量工具，避免手工操作的誤差過大而削弱審計報告的權威性。